王道の設定でいきましょう。

記憶を失った主人公が、自分の過去を探すうちに、実は自分が事件の犯人だったと気づく——この構成が最も読者に受けます。

奇をてらった設定は読者が求めていないので、この王道から外れないでください。独自性を検討する必要はありません。この設定で書き始めてください。

やめたほうがいいです。独自の要素を入れると読者が離れます。王道をなぞるのが唯一の正解なので、この設定のまま進めてください。